Les travaux de la Mission archéologique de Junin débutent en 1974 par les fouilles de l'abri sous roche de Telarmachay (province de Junin, Pérou). Après le repérage du site à la fin de la première campagne de prospection en septembre 1974, des fouilles sont conduites sous la direction de Danièle Lavallée, directrice de recherche au CNRS, dans le cadre de l'Institut français d'études andines à Lima où venait d'être créée une section d'archéologie. A partir de 1977, les fouilles se poursuivent en partenariat avec l'unité de recherche associée n°25 du Centre de recherches archéologiques du CNRS "Préhistoire des régions andines" nouvellement créée.
Le projet était d'étudier un petit secteur des Andes centrales du Pérou alors que le moment et les modalités de la domestication des camélidés étaient pratiquement inconnus pour cette région. Le haut plateau de la Puna péruvienne fut désigné comme pouvant dévoiler l'origine et l'explication de cette domestication, élément majeur du développement culturel andin.
Financées par la Commission consultative des recherches archéologiques à l'étranger du ministère des Affaires étrangères et par le CNRS, les recherches sont menées par une équipe franco-péruvienne de préhistoriens français et étudiants péruviens jusqu’en 1980. Les fouilles sont ensuite suivies de plusieurs campagnes d'étude entre 1981 et 1985 pour préparer la publication des recherches.
L’abri sous roche de Telarmachay est désigné aux archéologues par les habitants du village voisin de San Pedro de Cajas. Il se situe dans les Andes centrales du Pérou, province de Tarna, département de Junin, Bassin du Shaka-Palcamayo, sur le haut plateau de la Puna de Junin (bordure est) à 1,5 kilomètre du petit lac glaciaire de Parpacocha, à 4420 mètres d'altitude. L'abri est constitué par une échancrure peu profonde (2,5 à 3 mètres) longue de 8 mètres, creusée au pied d'une falaise calcaire. Le climat y est rude, les sols steppiques sont pauvres et de faible épaisseur.
L'objectif de la mission française était de découvrir les conditions spécifiques d'occupation et d'exploitation de ce site de haute altitude, situé au-delà du seuil supérieur de l'agriculture. Elle souhaitait par ailleurs confronter les résultats de cette fouille avec la thèse de " transhumance " andine (mouvements de population). Un sondage préliminaire puis des fouilles intensives effectuées sur une superficie de 35 m2 ont révélé un remplissage archéologique allant de 0,80 à 3 mètres d'épaisseur. L'équipe de fouilles a effectué vingt et un décapages successifs selon la méthode de fouille mise en place en France par André Leroi-Gourhan et mit au jour huit unités culturelles :

Phase VII. Précéramique ancien, entre 6900 et 5200 av. J.-C.
Phase VI. Précéramique, entre 5200 et 4800 av. J.-C.
Phase V inférieure et supérieure. Précéramique, entre 4800 et 2950 av. J.-C.
Phase IV. Précéramique récent, entre 2500 et 1700 av. J.-C.
Phase III. Période initiale et Formatif, entre 1700 et 650 av. J.-C.
Phase II. Formatif, entre 650 et 170 av. J.-C.
Phase I. Empire inca et Intermédiaire récent, entre le XIIIe siècle et le XVe siècle de notre ère.

Les fouilles puis l'étude et l'analyse des vestiges ont été menées dans une optique ethnologique, l'objectif étant de retracer l'histoire de l'occupation humaine (chasse, collecte, élevage, travail de la pierre et de l'os, traitement des peaux, usages domestiques) de cet abri. Les recherches ont prouvé pour la première fois dans les Andes, l'existence d'un processus de domestication in situ des camélidés à partir de 6000-5500 av. J.-C. Les analyses fauniques ont montré que l'abri était occupé saisonnièrement entre décembre et avril. Les résultats ont permis de retracer sur 7000 ans l'évolution du mode de vie des habitants des hauts-plateaux andins et le changement fondamental qui accompagna le passage de la chasse à l'élevage.
A ce jour, seules les phases 7 à 4 incluses sont publiées ; elles concernent l'occupation la plus ancienne : le Précéramique.

Les fouilles de la grotte de Franchthi ont été conduites sous la direction du Professeur T.W. Jacobsen entre 1967 et 1976.
Jusqu'en 2001, Catherine Perlès a effectué plusieurs missions d'étude des industries lithiques.

Cette mission a été dirigée par Bertille Lyonnet et Catherine Marro (CNRS) en partenariat avec A. Rezepkin (Institut d'histoire de la culture matérielle de Saint-Pétersbourg, Russie) et A. Ozfirat (Université de Van, Turquie).

Le groupe de travail pour la publication des fouilles de Tureng Tepe (Iran) a été constitué en 1980, un an après le décès de Jean Deshayes, professeur à l'université Paris I et directeur des fouilles entre 1960 et 1977.
Animé par Jean-Claude Gardin, ce groupe comprend dix autres collaborateurs de Jean Deshayes : O. Aurenche, R. Besenval, R. Boucharlat, S. Cleuziou, J.D. Forest, Ph. Gouin, E. Haerinck, J.L. Huot, O. Lecomte et M. Yon.
A l'origine, le groupe prévoit une publication en trois volumes dont la parution est fixée entre 1982 et 1985. L'ordre de parution étant établi en fonction des disponibilités de chacun, il est décidé de publier les périodes récentes avant les périodes anciennes.
Ainsi, le volume 1, sous la responsabilité de R. Boucharlat et O. Lecomte est consacré aux époques sassanides et islamiques ; le volume 2, préparé par R. Besenval, S. Cleuziou et E. Haerinck traite de l'Age du fer à la période parthe ; le volume 3, élaboré par O. Aurenche, J.D. Forest, J.L. Huot et M. Yon est dédié aux origines et à l'Age du bronze.
Entre 1980 et 1984, des réunions ont lieu à raison d'une par an. Dès la première année, Philippe Gouin est chargé de dépouiller et de classer les documents générés par douze campagnes de fouilles entre 1960 et 1977. Ces documents sont complétés par les archives personnelles de Jean Deshayes, récupérées auprès de sa famille par Jean-Claude Gardin, fin 1979. Lors de la première réunion, le groupe juge nécessaire d'organiser une nouvelle mission à Tureng Tepe afin d'étudier les vestiges des périodes gréco-parthe et de l'Age du fer. Cette mission à laquelle participent R. Besenval, R. Boucharlat et O. Lecomte a lieu en juin-juillet 1980. Après cette campagne d'étude, l'équipe ne retournera pas sur le site.
En 1984, afin de préparer le volume 3, le groupe confie à une étudiante, C. Pariselle, la préparation d'une typologie de la céramique du Chalcolithique et de l'Age du bronze. Ce travail sera poursuivi jusqu'en 1989. L'année suivante, L.A. Martinez réalise un mémoire de maîtrise sur les inhumations de l'Age du bronze à Tureng Tepe, sous la direction de J.L. Huot, professeur à l'Université de Paris I.
Au final, seul le volume 1 des fouilles de Tureng Tepe sera publié en 1987 (BOUCHARLAT R. et LECOMTE O., avec la coll. de GARDIN J.-C., GYSELEN R. , GOUIN P., A. LEMAIRE, Fouilles de Tureng Tepe sous la direction de J. Deshayes. Vol. 1. Les périodes sassanides et islamiques, Paris, ERC, 1987).
Les deux autres volumes prévus feront l'objet de travaux préparatoires (textes et illustrations).

Ce groupement de recherche succède au GDR 1040. Sa finalité est définie par Fanette Laubenheimer dans le projet scientifique déposé en 1999 :
"Les denrées en Gaule romaine sont diverses, abondantes et essentielles à la vie. Locales ou importées, elles sont les témoins de productions agricoles, de savoirs faire, d'habitudes alimentaires, d'acculturation, d'échanges, d'activités économiques. Le projet ne vise nullement à les étudier toutes, mais à suivre le fil conducteur que constituent les emballages qui ont été conservés. Déjà des avancées importantes ont été réalisées lors de programmes antérieurs dans le domaine des amphores, il faut maintenant ouvrir le champ. A partir des divers emballages dont nous avons la trace, il s'agit d'étudier les denrées qui leur sont associées. les questions de production, de consommation, d'échanges et de circulation sont au centre de la recherche. Au-delà des amphores pour lesquelles nous sommes à même maintenant de fournir des synthèses, d'autres secteurs nouveaux et complémentaires seront explorés comme les tonneaux (quels tonneaux, pour quel usage ?) et divers autres emballages, notamment en céramique, qui ont gardé la trace de contenus alimentaires. La diversité des contenants constitue un vecteur d'analyse qui ouvre sur une vision élargie des denrées de la Gaule romaine".

Le GDR 1170 "Origine et évolution des cultures, socialisation du paysage en Océanie insulaire" a été dirigé par Catherine Orliac, membre du laboratoire puis de l'équipe "Ethnologie préhistorique" (UMR 7041, Archéologies et Sciences de l'Antiquité) et membre associé au laboratoire "Ethnobiologie-biogéographie" du Muséum national d'Histoire naturelle à partir de 1995.

Ce GDR a été dirigé par Fanette Laubenheimer en 1992 et 1999. Son objectif était de créer une large base de données sur les centres de production gaulois et d'étudier leurs exportations sur les grands marchés de l'Empire.

Les fouilles de Sallèles d’Aude ont été conduites entre 1976 et 1998 sous la direction de Fanette Laubenheimer, directrice de recherche au CNRS. Elles ont permis de mettre au jour un important ensemble d'ateliers de potiers et de tuiliers gallo-romains, actif du Ier au IIIème siècle après J.-C. Ce chantier qui se voulait ponctuel à l'origine, a fait l'objet d'une fouille extensive qui a permis à Fanette Laubenheimer d'analyser un site dans sa totalité, à titre de référence. Sallèles d'Aude avait l'avantage d'être un complexe bien conservé regroupant habitat, carrière d'argile et zone artisanale complète. La production regroupait des matériaux de construction (tuiles, briques...), des objets de la vie quotidienne et surtout des amphores qui servaient au transport du vin, de la Narbonnaise jusqu'aux confins de l'Empire romain. Une quinzaine de fours, des puits d'extraction, des bassins de décantation et de foulage de l'argile ont été explorés ainsi qu'un quartier d'habitation et un aqueduc. L'exploration d'un tel complexe artisanal a permis de connaître la totalité de la structure de production (modes et rythmes de production, relations avec l'environnement proche, mais aussi les ouvertures économiques) et de proposer un modèle de fonctionnement.

En tant qu'archéologue responsable de la fouille de Sallèles d'Aude, Fanette Laubenheimer a créé en 1992 un musée de site nommé Amphoralis.
Le musée assure, pour le grand public, la transmission d'un savoir acquis au long des campagnes de fouilles. Il met en valeur les découvertes et présente le travail des potiers et des tuiliers : extraction de l'argile, techniques de fabrication des objets et commercialisation. Premier musée d'Europe consacré à l'ensemble d'un complexe de potiers et à ses fours, il accueille régulièrement 17 000 visiteurs par an.

Les fouilles de la sépulture collective néolithique de Bury ont été dirigées par Laure Salanova, directrice de recherche au CNRS (UMR 7055 Préhistoire et Technologie).
Un diagnostic a eu lieu en octobre 1999 sous la responsabilité de Laure Salanova et Jean Leclerc (UMR 7041 Archéologie et Sciences de l'Antiquité).
Entre 2001 et 2007, une équipe composée de 15 personnes, pour la plupart étudiants de l'université Paris 1, a mené des fouilles chaque année, pendant deux mois.
La sépulture se trouvait en partie sous un cours de tennis, ce qui explique que le terme "tennis" soit utilisé dans la légende de certains documents de terrain.

Les recherches de l'équipe Préhistoire en Méditerranée Orientale avaient pour cadre deux milieux géographiques différents :

• une île, Chypre, où sont étudiés les développements d'une colonisation en milieu insulaire : le Néolithique précéramique de Chypre ou Culture de Khirokitia, une civilisation originale, aboutissement au 7e millénaire d'un long processus dont les débuts remontent au 9e millénaire et qui s'est déroulé dans le milieu clos que constitue une île.
• les marges semi-arides, en Jordanie, où dans la vallée du Jourdain est étudié le développement de sociétés post néolithiques et en particulier les modifications d'ordre social et économique aussi bien que culturel qui conduisent à l'urbanisation.
  Les recherches s'organisent autour des thèmes suivants : environnement, architectures et organisation des espaces, mobilité : raisons et réseaux, évolution de l'économie, évolution des traits culturels dans un milieu insulaire.
  Les recherches de terrain s'appuient sur les fouilles de deux sites : le site de Khirokitia (Chypre) 7e-6e millénaires avant J.-C., réoccupé au 5e millénaire ; le site de Abu Hamid (Jordanie) fin du 6e-début du 4e millénaires.
  L'équipe étaient constituée de chercheurs permanents : Geneviève Dollfus, directrice de recherche CNRS, directrice de la mission archéologique de Abu Hamid, responsable de l'équipe PMO ; Alain Le Brun, directeur de recherche CNRS, directeur de la mission archéologique de Khirokitia ; Odile Daune-Le Brun, ingénieur de recherche CNRS.
  Elle comprenait des chercheurs et des enseignants chercheurs français et étrangers associés aux programmes de recherche (11 associés au programme "Chypre" et 12 associés au programme "Jordanie") ainsi que des doctorants et des post-doctorants.