À la fin des années 40, l’état d’Israël se lance dans un important projet d’assèchement du marais du Houleh, traversé par le Jourdain, à une vingtaine de kilomètres au nord d’Hatsor. En 1954, lors de travaux de construction de réservoirs destinés à capter la source d’Aïn Mallaha, située sur la rive occidentale du lac, les engins mécaniques détruisent une partie d’un important établissement de plein air préhistorique installé sur un talus abrité, au pied des monts de Galilée. Jean Perrot qui travaille alors sur le site d’Hatsor, intéressé par la découverte, obtient du Service des Antiquités d’Israël l’autorisation de rectifier la coupe réalisée par les ouvriers dans une partie du talus. À la fin d’une première campagne qui dure près d’un mois (novembre 1955), la fouille d’une centaine de mètres carrés sur deux secteurs reliés par une tranchée, lui permet d’identifier un exceptionnel site de plein air « Natoufien » qui s’étend sur plus de 1000 m2.

En effet, le matériel lithique en particulier, rappelle celui découvert dans les niveaux des grottes de Judée (Shukbah) et du Carmel (Mugharet el-Wad) par l’archéologue Dorothy Garrod à la fin des années vingt et baptisé « natoufien » (du nom du cours d'eau palestinien « Wadi El-Natouf ») par cette dernière. Le gisement de la source d’Aïn Mallaha présente donc un intérêt majeur car il s’agit du premier site de plein air Natoufien découvert en Israël. En accord avec le Service des Antiquités d’Israël, la « mission Perrot » décide d’entreprendre des fouilles sur le long terme, dès l’année suivante sur le site d’Eynan (Aïn Mallaha) baptisé finalement Mallaha à partir du rapport de fouille de la campagne de 1961.

La fouilles du site de Mallaha marque une étapes essentielle dans la démarche archéologique de Jean Perrot. De 1955 à 1961, il dirige la fouille seul, puis à partir de 1971 et jusqu’en 1976, il partage la direction avec Monique Lechevallier, puis François Valla. Enfin, conception nouvelle en Israël, il décide dès 1954 (Safadi) de s’entourer d’une équipe de chercheurs (anthropologues, zoologues, géologues, etc…) qu’il fait venir sur le terrain. La première équipe de Mallaha, est constituée de Denise Ferembach (anthropologue), Henri de Contenson (archéologue), Thérèse Josien (zoologue) et de quelques jeunes chercheurs israëliens.

En 1958, Jean Perrot effectue un voyage aux États-Unis, invité par l’anthropologue R. J. Braidwood. Il y participe à un séminaire sur la préhistoire au Proche Orient. C’est, influencé par ce voyage et par les idées de Braidwood sur la « révolution néolithique » qu’il entame en 1959, une nouvelle campagne de fouille à Mallaha.

Les premiers résultats des campagnes de 1955, 1956 et 1959 sont d’une importance majeure. Mallaha est un immense habitat de plein air sur trois niveaux constitué de maisons rondes accompagnées d’une industrie lithique, de grands mortiers, pilons, faucilles, d’outils en os et de parures. Enfin les morts sont enterrés dans les sols des habitations. Pour Jean Perrot, en 1962, l’économie d’Eynan est caractérisée par « une intensification des diverses formes de cueillettes et par une exploitation optimum des ressources naturelles de la région ». À Mallaha, tout semble indiquer que la sédentarisation a précédé la domestication des animaux et la culture des plantes. Ainsi, au début des années soixante, la fouille de ce gisement bouleverse profondément la vision traditionnelle du processus de néolithisation.

Chronologie des fouilles :

Fouilles Jean Perrot : 1955-1956 et 1959-1961
Fouilles Jean Perrot et Monique Lechevallier : 1971 à 1975
Fouilles Jean Perrot et François Valla : 1976

Fouilles d’Eynan (Aïn Mallaha) (direction Jean Perrot) :
Première campagne : du 2 au 25 novembre 1955
Deuxième campagne : du 03 au 11 mai 1956
Troisième campagne : du 16 octobre au 2 novembre 1956
Quatrième campagne : du 02 juin au 18 juillet et du 10 août au 04 septembre 1959
Cinquième campagne : du 01 au 09 novembre 1960
Sixième campagne : du 15 octobre au 27 novembre 1961

Fouilles de Beisamoun-Mallaha (direction Jean Perrot et Monique Lechevallier) :
Campagne de 1971 : du 18 août au 29 septembre
Campagne de 1972 : du 23 août au 14 septembre
Campagne de 1973 : du 26 août au 23 septembre
Campagne de 1974 : du 28 août au 6 octobre
Campagne de 1975 : du 1er juillet au 22 août et du 16 septembre au 17 octobre (les fouilles sont conduites par Monique Lechevallier. François R. Valla est associé à la direction des travaux)
Campagne de 1976 : du 5 juillet au 5 septembre et du 19 septembre au 2 octobre (François R. Valla est associé à la direction des travaux)
Campagne de vérification de 1979 : du 4 au 14 juin, dirigée par François R. Valla.