Le Laboratoire Archéologie et Territoires a été créé comme unité de recherche par le CNRS le 1er janvier 1992, avec le statut d’UPR 9018. Il a été transformé en UMR 9966, associé à l’Université de Tours, le 1er janvier 1994.
L’unité a fait partie du réseau du Centre de Recherches Archéologiques du CNRS dont elle a été l’équipe de recherches archéologiques n° 40, de 1992 à 1996.
A partir de 1996, le laboratoire devient l’UMR 6575.
L’unité a intégré, sous la forme de programmes spécifiques, dans le contrat quadriennal 1996-2000, le GdR 94 Sociétés et cadres de vie au Moyen Age, et dans le contrat 2000-2004, le GdR Topographie des cités de la Gaule.
L’unité a été à l’origine de la création du GdR Tesora au 1er janvier 2000, et actuellement porté par l’UMR 7041 ArScan et le Programme Interactions Sociétés-milieux dans le bassin de la Loire.
Le laboratoire est enfin devenu une équipe de l’UMR CITERES (UMR 7324).