Entre 1990 et 1992, Jean-Paul Demoule est membre du Conseil supérieur de la recherche archéologique. Dans ce cadre, il participe au Comité de pilotage pour la publication des résultats des fouilles du TGV nord, sous la direction de Jean-Claude Blanchet. Une douzaine de volumes devaient être publiés dans une collection intitulée "Archéologie et grands travaux" rattachée à la collection "Documents d'archéologie française", éditée par les Éditions de la Fondation de la Maison des sciences de l'homme.

En février 1992, la plupart des membres du Conseil supérieur de la recherche archéologique démissionnent, dénonçant par cet acte de graves dysfonctionnements quant la gestion scientifique des fouilles archéologiques. En effet, le Conseil ne parvient pas à se prononcer sur la totalité des opérations de sauvetage archéologique et ne peut donc proposer une politique globale en matière d'archéologie nationale. Les membres démissionnaires souhaitent une redéfinition des missions du Conseil, l'obtention de moyens et la mise en place d'un système organisationnel cohérent.